宏基因组测序研究，不需要对微生物进行疏散培养，以特定情况中的整个微生物群落作为研究的工具，提取情况微生物总DNA进行研究。可进行微生物群体的物种分类、基因预测、功效注释、样品间的物种比较、基因差别剖析、群体结构剖析和多样性剖析等;近年来，随着测序技术和信息技术的快速生长，利用新一代测序技术(Next Generation Sequencing)研究宏基因组，能快速准确的获得大宗生物数据和富厚的微生物研究信息，为探求微生物与情况、微生物与宿主之间的关系提供了重要手段。