16S rDNA是指细菌基因组中编码核糖体16S rRNA分子对应的DNA序列, 也就是16S rRNA 的编码基因。16S rDNA序列包括9个可变区、 10个守旧区。可变区因细菌而异，且变异水平与细菌的系统发育密切相关，所以 ，16S rDNA是细菌分类学研究中最常用的细菌分类标准。